Otto Flaths Werke verteilen sich nicht nur in Deutschland, sondern sind über die Welt verstreut (u.a. Skandinavische Länder, U.S.A., Schweiz, Lettland). Sie befinden sich in Kirchen, Schulen, Krankenhäusern, Kammern und Rathäusern sowie bei zahlreichen privaten Flathfreunden. Die Gestaltungsideen entsprangen Bibel, Sagen und Märchen, Mythen und dem realen Leben; aus alter und neuer Zeit, weitgespannt über Zeit und Raum. Als Werkstoff gestaltete Flath alle Holzarten - welche ihm in der Regel ohne Bestellung gebracht wurden - und formte seine Kunstwerke ohne Zeichnung oder Modell „aus dem Inneren heraus“.
Der mit ihm befreundete Dichter Hermann Claudius (1878-1980) widmete ihm ein Gedicht „Du gabst dem Baum die Seele wieder....“
Auch das malerische Werk hat sich zu einer eigenständigen Kunstart entwickelt. Hier dominiert die Farbe für die Aussage. In der Stiftung Kunsthalle Flath und Villa Flath wird eine kleine Auswahl seiner Arbeiten präsentiert; eine große Anzahl weiterer Werke lagert im Archiv, bzw. einer teilgeschlossenen Fläche der Ausstellungshalle.
I Phase
Ausgehend von der Schnitzerlehre sind seine Arbeiten sehr fein und detailliert; die Erstellung der Holzwerke diente anfangs vor allem dem Verkauf zur Sicherung der Lebenskosten. In der Freizeit entstanden Spielzeuge; er probiert sich auch mit einer Art Comic-Zeichnungen.
II Phase
Auch in den 1930er Jahren konnte sich Flath aus wirtschaftlichen Gründen stilistisch noch nicht ganz von den Wünschen der Käufer lösen. Mit der gewonnenen Sicherheit durch die Unterstützung der Burmesters konnte sich die Entwicklung seines eigenen Kunststiles aber weiter entfalten. Die Nöte der Zeit versuchte er in seinen Werken (s. „Frühe Zeichnungen“, 2006) zu verarbeiten, indem er nicht nur die Not darstellte, sondern auch Wege zu deren Überwindung aufzeigte. Kennzeichnend ist dabei beispielsweise die einzigartige Akzentuierung der Gestalten und Gesichter durch Schleier/Textilien. Bei seinen Altarbildern bezog Flath teils Menschen des 20. Jahrhunderts in das Geschehen mit ein, um deren Identifikation mit dem christlichen Glauben zu erreichen.
„Otto Flaths Gestalten bleiben ... nicht mehr im Leid stecken, sie streifen die Erdenschwere ab, streben nach oben, ja scheinen fast zu schweben. Es ist nicht mehr der Expressionismus alter Zeit, sondern etwas Neues, die Verkündigung einer inneren Welt, jenseits aller irdischen Not, unberührbar durch sie.“ (G. Orthmann)
III Phase
In der Nachkriegszeit war Flath keinen äußeren Zwängen mehr ausgesetzt und verfeinerte seinen einzigartigen Kunststil. Vor allem in seinen Zeichnungen, Ölbildern und Aquarellen – gemäßigt aber auch in den Werken - fand eine teils starke abstrahierende Entwicklung statt. Seine Werke zeigen eine zunehmende expressive Spur von Schnitzmesser bzw. Beitel. Zeichnungen und Aquarelle wurden zunehmend gegenstandsloser.
Große Altäre, u.a.